C’est sur un haut plateau de Colombie, autour d’une rivière près de Bogota, que se réécrira peut-être l’histoire de la syphilis. En analysant les restes d’hominidés ayant vécu ici dans des abris sous roches, et retrouvé lors de fouilles menées il y a un demi-siècle, des chercheurs de l’UNIL et du SIB apportent un nouvel éclairage sur l’origine possible de cette maladie sexuellement transmissible. Cette découverte livre des éléments attestant d’une grande diversité de pathogènes dans les Amériques bien avant l’arrivée des Européens.
« Nous avons découvert les traces d’une bactérie qui est responsable d’une maladie assez proche de la syphilis. Et cela à partir du tibia du squelette d’un individu ayant vécu là-bas, en Colombie, il y a 5500 ans ! », explique Anna-Sapfo Malaspinas, professeure associée au Département de biologie computationnelle à l’Université de Lausanne (UNIL), et à l’Institut suisse de bioinformatique (SIB).
Cette bactérie, en forme de spirale, fait partie de l’espèce Treponema pallidum, dont les sous-espèces sont responsables de quatre maladies dites « tréponémiques », la syphilis, mais aussi le pian, le bejel et la pinta. Autant d’affections qui se concrétisent par des lésions plus ou moins graves de la peau, ainsi parfois que des infections osseuses.
Un milliard et demi de fragments d’ADN
Pour la mettre au jour, les scientifiques ont d’abord extrait des os du squelette tout le matériel génétique présent – humain mais aussi microbien –, puis ont séquencé ce milliard et demi de fragments d’ADN à l’Université de Californie à Santa Cruz, aux Etats-Unis. Avant de les trier à Lausanne : « Ensuite, on souhaite identifier l’ADN appartenant aux différentes sous-espèces, détaille Davide Bozzi, doctorant à l’UNIL/SIB. On utilise pour cela des algorithmes de bioinformatique, pour comparer cet ADN ancien avec celui de microbes actuels. Et ce qu’on a trouvé, c’est une bactérie cousine des pathogènes qui causent la syphilis aujourd’hui. » Ces résultats ont été publiés le 22 janvier dans la revue Science. Pour Anna-Sapfo Malaspinas, s’exprimant pour le 19:30, « ils permettent de conclure que cette bactérie circulait parmi les humains, déjà dans les Amériques, il y a des milliers d’années avant ce qu’on pensait jusque-là. » Les scientifiques ont montré que, bien qu’étroitement apparentée, cette lignée s’est séparée très tôt dans l’arbre évolutif de ces bactéries, cela il y a environ 13’700 ans.
Cette découverte permet de mieux comprendre l’évolution de la syphilis, et de contrer certains clichés à son sujet. Ainsi, l’on a longtemps pensé que ce genre de maladies s’étaient fortement développées à travers la sédentarisation et donc la densification des populations, associées à l’essor de l’agriculture. Or, il apparaît ici, puisque cette bactérie a été découverte chez ce qui s’apparente à un chasseur-cueilleur, que le microbe en question circulait déjà parmi des groupes d’hominidés très mobiles, bien avant l’apparition de l’agriculture. « La souche découverte est associée à des conditions bio-sociologiques et environnementales qui comprennent des taux élevés de migration et d’interaction communautaire, ainsi que des contacts fréquents avec des animaux sauvages parmi les communautés de cueilleurs d’Amérique du Sud », souligne pour le 19:30 Molly Zuckerman, professeur d’anthropologie à l’Université américaine du Mississippi, qui n’a pas participé à l’étude.
Ces travaux rebattent aussi les cartes quant à l’origine de ces maladies. Jusque-là, deux hypothèses principales s’opposaient : selon la première, dite « colombienne », ce seraient les conquistadors qui, au XVe puis au XVIe siècle, auraient ramené en Europe les affections comme la syphilis. Et selon la seconde, l’ « hypothèse pré-colombienne », la maladie aurait été présente sur le Vieux Continent bien avant l’époque des grandes découvertes, mais sa virulence ne serait apparue que bien plus tard, au fil des mutations de la bactérie. « Notre étude pointe vers une origine américaine de ces bactéries », tente Anna-Sapfo Malaspinas.
Explication plus complexe, moins binaire
Pour Molly Zucherman, qui écrit aussi un commentaire sur cette étude dans la revue Science, la réalité est probablement plus complexe, moins binaire : «Ces résultats permettent d’aller au-delà des idées simplistes sur l’origine géographique des maladies », explique-t-elle, en estimant qu’il n’est pas exclu à ce stade que cette bactérie fût présente depuis très longtemps partout à la surface du globe, alors que les continents n’étaient pas encore épars comme aujourd’hui.
Et voir les choses ainsi est particulièrement important pour la syphilis, dont les origines restent socialement significatives : « La syphilis a longtemps été associée à des discours moralisateurs, à la stigmatisation [des populations concernées] et à des récits géopolitiques nationalistes. Encadrer les origines de cette bactérie à travers des dichotomies géographiques, telles que ‘Ancien Monde’ contre ‘Nouveau Monde’, occulte les réalités écologiques que les données anthropologiques, génomiques, épidémiologiques et écologiques mettent de plus en plus en évidence pour les agents pathogènes passés et présents. Loin d’être statiques ou spécifiques à une population humaine ou à un environnement, ceux-ci sont liés à des hôtes et des réservoirs humains et animaux mobiles, façonnés par les expériences humaines et les conditions bio-sociologiques et environnementales, adaptables et mondialisés. »
Mieux cerner les potentielles maladies émergentes
Selon elle, « bien mieux connaître l’évolution de cette maladie permettra ainsi d’atténuer la stigmatisation qui y est liée, et donc d’en parler plus librement et efficacement. De quoi mieux prévenir sa transmission, si ce n’est la contenir », détaille-t-elle au 19:30. Depuis quelques années en effet, les statistiques, partout dans le monde, montrent une résurgence massive du nombre de cas. D’ailleurs, « en fournissant autant de détails historiques, archéologiques et génétiques, ces travaux nous donnent de précieux indicateurs pour étudier les pathogènes anciens, mais surtout aussi pour la recherche sur les potentielles maladies émergentes. » Et aider les sociétés à mieux s’y préparer.
