Dès janvier 2013, tous les patients hospitalisés au CHUV verront leur génome séquencé, s’ils y consentent. La nouvelle Biobanque institutionnelle de Lausanne (BIL) veut récolter les tissus de dizaines de milliers de personnes, afin de permettre des recherches inédites sur les maladies et la mise au point de nouveaux médicaments, avec la médecine personnalisée en point de mire
Consentez-vous à l’utilisation, à des fins de recherches, de vos échantillons, sous forme codée? Y compris les données de votre génome? Souhaitez-vous être informé des résultats pertinents pour votre santé? Dès le 7 janvier 2013, chaque patient hospitalisé au CHUV de Lausanne sera invité à répondre à ces questions et à faire don de ses prélèvements (tissus, sang). Avec ce matériel, le centre hospitalier veut créer une biobanque «unique en Europe», selon le responsable du projet, Vincent Mooser, chef du département des laboratoires. «La Suisse est en retard dans ce domaine», avise-t-il.
Le concept de biobanque s’applique à toute institution détenant des échantillons biologiques et leurs données associées, d’origine végétale, microbienne, animale ou humaine; son rôle premier est de mettre à disposition de la recherche des ressources de qualité. Il existe des dizaines de biobanques plus ou moins grandes et ciblées dans le monde. Ce genre d’entreprises a toutefois pris une nouvelle envergure avec les progrès en génomique: «Il est devenu facile de séquencer l’ADN de tout un chacun, dit Vincent Mooser. On va faire face à un tsunami de données, d’une grande complexité, auquel on est peu préparé.»
Les promoteurs de la «médecine personnalisée» ont en effet un peu vite affirmé que les découvertes de mutations précises sur le génome des patients pourraient conduire à des traitements individualisés. Or, à l’exception de cas précis – une mutation sur les gènes BRCA1 et BRCA2 augmente par exemple les risques de cancer du sein –, l’apparition d’une pathologie dépend souvent de plusieurs gènes. L’équipe de Vincent Mooser a encore montré cet été dans Science que le génome humain abrite des milliers de variations sur ne serait-ce que 202 gènes.
«Pour évaluer le rôle de toutes ces variations, il faut disposer d’une infrastructure adéquate et profiter d’une puissance statistique suffisante», poursuit-il. C’est-à-dire pouvoir comparer les génomes séquencés de très nombreux patients. Les initiateurs de la Biobanque institutionnelle de Lausanne (BIL) espèrent recueillir les échantillons de 15 000 individus par an. «Notre projet a vraiment été «pensé génome». Une caractéristique distinctive», dit Christine Currat, directrice opérationnelle de la BIL, qui précise que celle-ci se basera sur l’infrastructure de la Biobanque Oncologie, collection de tissus cancéreux existant au CHUV depuis 2007 dont elle avait la charge.
«Jusque-là, on a aussi minimisé le fait qu’après avoir généré ces données génétiques, il fallait les transformer en informations, et les communiquer aux patients», poursuit le professeur. «Un aspect délicat des biobanques concerne les découvertes de pathologies sur des échantillons prélevés des années plus tôt, avise Daniel Simeon-Dubach, consultant indépendant en biobanques: faut-il alors avertir leurs propriétaires? Et comment?» «Les patients atteints d’une maladie génétique nouvellement mise au jour ont le droit de ne pas vouloir le savoir, surtout s’il n’y a pas de traitement», abonde Martin Götz, de la Division biomédecine de l’Office fédéral de la santé publique. Selon lui, ce genre de décisions d’information reste difficile, d’autant que les procédures de communication doivent souvent être établies avant que les prélèvements soient faits et les recherches menées.
«De tels protocoles n’ont pas encore été établis globalement», confirme Daniel Simeon-Dubach. Le Conseil de l’Europe planche d’ailleurs sur l’élaboration d’un «cadre cohérent» commun à ses 47 Etats membres pour gérer les biobanques. «L’intérêt d’informer les donateurs peut varier suivant que l’on soit son médecin ou un chercheur en biologie, reprend le consultant. Lorsqu’il s’agit encore des recherches en cours, il n’est par exemple pas pertinent d’informer de tous les détails avant que les résultats soient validés.» Vincent Mooser et son équipe sont conscients du problème: «C’est un cas typique de gouvernance adaptative: les avancées technologiques vont plus vite que les connaissances et l’éthique. Nous évaluerons avec des éthiciens le type de mutations au sujet desquelles nous avertirons les porteurs, s’ils le souhaitent.»
Outre l’étude génétique des maladies, la BIL servira à la mise au point de médicaments, souhaite Vincent Mooser. «A l’aide de la biobanque, nous espérons augmenter notre confiance en des cibles thérapeutiques potentielles.» Un exemple? «La personne qui possède une mutation sur le gène LRRK2 a entre 50 et 80% de risque de développer la maladie de Parkinson à 70 ans. L’industrie pharma travaille sur des moyens de bloquer ce gène. Or il reste à déterminer quels patients pourraient bénéficier d’un possible traitement, car seuls 3 à 5% des cas de Parkinson sont porteurs de la mutation de LRRK2. Avec notre biobanque, nous aurons la possibilité de repérer ces gens, voire de les impliquer dans des essais cliniques.» Car c’est là un autre atout de la BIL: «Nous disposerons des coordonnées des patients pour les recontacter, s’ils y consentent», dit le chercheur. Selon lui, disposer de toutes ces capacités sous le même toit – stockage des échantillons, séquençage génétique, consentement des patients, démarche orientée d’emblée vers la restitution potentielle des données, et études cliniques en milieu hospitalier – rend incomparable son projet, mis sur pied en adéquation avec la loi sur la recherche sur l’être humain, qui devrait entrer en vigueur en 2014, et avec l’aval de la Commission cantonale d’éthique.
Reste la question de l’utilisation et de la protection des données, qui pourraient intéresser divers cercles, telles les assurances maladie. «La sécurité des données n’est pas un aspect critique, car il dépend de solutions techniques», estime Daniel Simeon-Dubach. Vincent Mooser et son équipe ont tout prévu, mais n’excluent pas de partager ces données, de façon codée, avec des partenaires industriels ou académiques, «ceci sans volonté de faire de l’argent».
Au niveau européen s’est créée la Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure, qui regroupe 225 institutions dans 30 pays et qui lancera ses activités dès mi-2013. «Nous n’en faisons pas partie pour l’instant, dit Vincent Mooser. Nous allons explorer les possibilités de collaboration avec les biobanques européennes et hors EU.» Et en Suisse? «La création de la BIL est bienvenue, avec sa spécificité génétique, mais cette initiative devrait avoir lieu sur le plan national, car cela permettrait d’augmenter le nombre de patients concernés par des maladies rares», remarque Rainer Warth, directeur du réseau Biobank Suisse. «Si notre projet peut en susciter d’autres, nous serions ravis», dit Vincent Mooser, qui glisse être en contact avec ses homologues genevois, bernois, bâlois et zurichois.
Pour Rainer Warth, «une des garanties de succès reste le soutien financier à long terme, sur cinq ou dix ans. Car, par exemple, recontacter les patients demande de gros moyens.» Au Luxembourg, l’une des plus grandes biobanques d’Europe dispose d’un budget de 140 millions d’euros sur cinq ans. Et mardi, le service de santé britannique NHS a annoncé investir 124 millions d’euros pour séquencer l’ADN de 100 000 patients atteints de cancers afin d’améliorer les traitements existants. La BIL, elle, dispose pour l’instant d’un budget plus limité, assuré par le CHUV et l’Université de Lausanne, qui permettra d’engager dix collaborateurs pendant les deux premières années afin de recruter les donateurs. «Vu l’enthousiasme qu’il suscite, je suis confiant que ce projet constituera un outil durable pour soutenir la recherche sur l’Arc lémanique», conclut Vincent Mooser.
